W żołądku człowieka mogą żyć pasożyty. Jednakże ze względu na kwaśne środowisko żołądka, jest on mniej atrakcyjnym miejscem dla wielu pasożytów w porównaniu do innych części układu pokarmowego, takich jak jelita. Niemniej jednak niektóre organizmy są przystosowane do przeżycia w kwaśnych warunkach żołądka.
Przykładem pasożyta, który może żyć w żołądku człowieka, jest Giardia lamblia, choć częściej kolonizuje ona jelito cienkie. Giardioza, choroba wywołana przez tego pasożyta, prowadzi do objawów takich jak biegunka, wzdęcia, nudności czy bóle brzucha.
Innym pasożytem, który może przeżyć w żołądku, jest tasiemiec, choć jego dorosłe formy zwykle rozwijają się w jelitach.
Wielu pasożytów wchodzi do organizmu człowieka przez spożywanie skażonej wody lub jedzenia. Niektóre z nich przetrwają przejście przez żołądek i przenikają do jelit, gdzie się rozmnażają i powodują różne objawy.